协同创新中心依托浙江大学，设置科技委员会，讨论决定协同创新中心的学术和行政事宜，开展相关的学术研究和行政工作。依据工作需要设置若干个研发基地/团队，针对煤炭分级转化与清洁发电技术研发和产业化过程中的重大问题开展研究开发工作。
　　科技委员会由具有国际视野、熟悉国内外技术与产业发展、有深厚学术造诣的国内外知名专家、以及牵头高校、核心协同高校和协作企业的专家组成，为协同中心发展提供决策咨询，指导协同中心的科学研究。
    　首席科学家是协同创新中心学术带头人。
    　中心主任和副主任是协同创新中心行政管理负责人。
    　依据协同创新中心确定的研究工作需要设置对应的专题研究平台，负责煤炭分级转化与清洁发电研发和产业化过程中的重大问题攻关。依据中心确立的主攻研究方向及工作内容，整合协同体高校、协作企业和参加团队的相关研发成员，组建研究团队的人才梯队，同时整合协同体高校、协作企业和参加团队的相关资源（仪器、设备及空间等），形成专题研究平台。
   　 协同创新中心组织构架的建立及研究团队、职能部门的设置充分体现以支撑协同创新科研为核心的主导思想，体现以学术主导的工作原则，秉承有组织创新、协同创新和团队作战的工作理念。充分发挥研究团队的创新研究主体作用和科学家的创造性，建立精简、高效、服务型的行政支撑体系，保障协同创新中心各项工作顺利进行。